1945年9月13日，驻日盟军总部下令将第二总军司令官畑俊六作为甲级战犯逮捕。1946年5月3日，远东国际军事法庭开庭审判东条英机等日本甲级战犯。由于另一名陆军元帅杉山元在被捕前就已畏罪自杀，畑俊六就成为坐在法庭被告席上唯一一名陆军元帅。在法庭上，他已全无昔日的骄横之气，神情紧张，嘴巴歪扭，丑态百出。他被指控纵容、唆使部下在武汉杀戮平民和俘虏，奸淫妇女，抢劫和破坏财物等罪行。被关押在东京巢鸭监狱内的畑俊六，在美国宪兵的严密监视下，精神极度紧张，患了失眠症。1948年4月13日，东京《朝日新闻》报刊登了美联社记者莫里斯·哈里斯对日本甲级战犯量刑的预测消息。据哈里斯预测，畑俊六由于罪行严重，很有可能同东条英机一道被判处死刑。消息传入狱中，更加深了畑俊六的恐惧，使他坐卧不安。同年11月12日，远东国际军事法庭作出了最后判决。当庭长宣布判决畑俊六无期徒刑时，这位日本元帅竟万分感激地冲着法官深鞠一躬。在巢鸭监狱服刑6年后，畑俊六于1954年因病假释出狱，1958年获赦。1962年5月10日，畑俊六这个双手沾满中国人民鲜血，给中国人民带来了沉重灾难的刽子手，终于结束了其罪恶的一生。